Story
魔物と呼ばれる怪生物が出没する近未来。
主人公・沖田祐実はそれまで通っていた他県の全寮制学園が統廃合でなくなってしまい、割り振られた御門学園へと転入してくることになった。
魔物は当初こそ猛獣同然の危険な存在として市民生活を脅かしたが、最近では高性能の撃退装置や駆除装置も普及してきて、野良犬・カラスと同じ害獣・害鳥と同一視されるようになっていた。
ところが、山奥から出てきたばかりという和装の女の子、一文字 菊と出会った直後、祐実は凶暴な魔物に追い立てられて大ピンチに陥ってしまう。
菊と共に不思議な力に目覚めてそれを退けた祐実は、同様の力を持つ少女達—　新撰組を名乗る魔女っ子集団と遭遇する。
そのメンバーのうち、ノリのいいメガネっ子、のぼりんこと中島 昇以外の2人、近藤 弓枝と土方 時音は、祐実がとある事情で敬遠したがっている、幼なじみにして、姉がわりでもある、だだ甘なおねーちゃん弓ねえ、そして厳しくて頼りになる時ねえ、だった。
不可抗力のキスにより祐実に仕えることになってしまったフランス出身のアンドロイド少女ミシュリーヌ、そして菊たちと共に、紆余曲折を経て新撰組に加わり戦うことになった祐実。
正体を隠して活動し生徒や市民たちの喝采を浴びる新撰組は、学校公認の魔物退治集団・海援隊からライバル視され不毛でバカバカしい対立を続けることなる。
学園生活に魔物退治に、そして、恋と大忙しとなる祐実の前にはさらに、死別したはずの双子の妹と同姓同名、性格も言動もまるで本人としか思えない少女・沖田祐未とも知り合う。果たして彼女の正体とはいったい？
やがて、学園地下に封印された大魔王の存在が明らかとなり、戦いはヒートアップ！
復活をもくろむ玉藻と活動実績ほしさに励む海援隊、そして祐実たち新撰組との、

三つどもえの戦いが幕を切って開けるっ！